miRNA-靶基因互作網絡圖十分鐘速成教程！

今天我們安利二個實用的miRNA的在線數據庫以及重點介紹如何通過篩選到的靶基因或者hub基因搜索與之相關的miRNAs。

1，安利數據庫miRTarBase v8.0

當我們需要尋找miRNA時推薦使用數據庫miRTarBase v8.0非常便捷的網站（圖1）。點擊download，即可跳轉到下載頁面（圖2），可以下載經過實驗驗證的或者文獻提及存在共表達的miRNA與靶基因互作數據，這里的數據是按照物種統計的。

圖1. miRTarBase主頁

圖2. miRTarBase下載頁面

點擊圖1的Statistics，還會跳轉到數據統計頁面，不得不說，這個數據庫納入的還是非常全的，有人、小鼠、大鼠還有其他物種的；使用熒光素酶檢測的、芯片檢測的、測序檢測的還有CLIP-seq檢測的，都有（圖3）。

圖3. miRTarBase v8.0數據統計頁面

點擊圖1中的Search，即可跳轉到檢索頁面。另外該數據庫還是可以基于實驗結果進行批量檢索（圖4）。

圖4. miRTarBase v8.0數據批量檢索

之后，就可以去構建miRNAs-hub genes網絡圖了。

2、安利miRWalk 3.0

另外一個比較友好的在線數據庫叫miRWalk 3.0，它是一個很便捷的檢索網站（圖5）。中間有一個檢索框，可以根據實驗的相關種屬進行接下來的檢索。比如檢索基因名稱XBP1，只需在Gene之后的搜索框輸入XBP1即可，就會跳轉到相關頁面（圖6）。同樣地，輸入miRNA名稱也會跳轉到相關頁面（圖7）。

圖5. miRWalk 3.0網站頁面

圖6. miRWalk 3.0網站檢索基因名稱跳轉頁面

圖7. miRWalk 3.0網站檢索miRNA名稱跳轉頁面

在圖5中，下半部分還有一個Target Mining，后兩個不用看，造成的假陽性太大，只看前兩個。這個可以進行批量上傳miRNA和基因名稱，從而可以批量獲得二者結合數據。值得注意的是，每個miRNA和基因名稱必須準確，而且每行一個（圖8、圖9）。

圖8. miRNA數據挖掘批量上傳頁面

圖9. 基因名稱數據挖掘批量上傳頁面

這些數據都是可以下載，然后Excel打開的。打開之后，就可以去構建miRNAs-hub genes網絡圖了。如何去構建網絡圖，可以使用Cytoscape進行圖片繪制。

3、使用Cytoscape構建miRNA-hub基因網絡圖

接下來，我們介紹一下如何使用Cytoscape構建miRNA-hub基因網絡圖。首先得有一個關于miRNA與靶基因相關聯的表格文件以及該miRNA與靶基因的屬性的表格文件，如下圖所示：

之后就可以使用Cytoscape進行miRNA-hub基因網絡圖繪制了。將上述兩個表格分別導入Cytos    cape即可。

軟件會根據導入的屬性表格文件信息判定哪一個是miRNA，哪一個是靶基因，所以只需要在左側的style中將二者修改為不同的格式，然后導出圖片就可以啦。即如下圖所示，將顏色和形狀根據attribute進行修改，修改完成的圖片導出就行，另外導出時候像素一定要選擇最大像素，這樣可以防止組圖時候因圖片像素問題還得返工。

看完教程miRNA-hub基因網絡圖的構建是不是簡單易上手，還不趕緊實操起來吧。需要軟件歡迎留言給我們哦~