JPT：ARS-CoV-2肽池

近年來，關于T細胞對嚴重急性呼吸系統綜合征冠狀病毒2型（SARS-CoV-2）的免疫反應研究逐漸深入。有研究表明，在未接觸過SARS-CoV-2的個體中存在針對該病毒的T細胞免疫反應，這可能是由于普通感冒冠狀病毒（CCCs）特異性T細胞的交叉識別所致。然而，真正的T細胞交叉反應性，即單個T細胞受體（TCR）識別多種不同的肽-MHC配體的能力，在SARS-CoV-2的背景下尚未被證實。

“Functional characterization of CD4+ T cell receptors crossreactive for SARS-CoV-2 and endemic coronaviruses”旨在利用病毒特異性T細胞功能擴增平臺（ViraFEST），在康復期COVID-19患者（CCPs）和未接觸過SARS-CoV-2的捐贈者中，識別針對SARS-CoV-2和CCCs刺突蛋白（S蛋白）的交叉反應性T細胞受體（TCR）克隆型。通過確認SARS-CoV-2/CCC交叉反應性并評估其功能親和力，以期深入理解交叉反應性T細胞在COVID-19患者中的免疫機制和臨床影響。

實驗方法

1. 樣本收集與處理：

CCPs樣本：來自COVID-19康復患者，通過鼻拭子PCR測試確認SARS-CoV-2感染，癥狀輕微且未住院。

未暴露捐贈者（PCs）樣本：在SARS-CoV-2流行前（2017年至2019年）收集。

使用Ficoll-Paque PLUS梯度離心法從白細胞分離產品或全血中分離外周血單核細胞（PBMCs），并保存在-140°C。

2. ViraFEST平臺應用：

利用ViraFEST平臺檢測CCPs和PCs外周血中的特異性T細胞反應。該平臺通過10天的T細胞培養，結合相關抗原進行特異性抗原記憶T細胞反應和TCR的識別。

使用覆蓋SARS-CoV-2 S蛋白和四種已知CCC（HCoV-NL63, HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-HKU1）S蛋白的重疊肽池刺激CD4+ T細胞。

3.TCR克隆與轉染：

通過單細胞TCR測序識別TCR的α鏈和β鏈序列。

將完整的TCR基因塊克隆到CD4過表達的Jurkat NFAT-熒光素酶報告系統中，該系統通過NFAT激活定量讀取TCR參與的強度，即功能親和力。

4.肽刺激與細胞因子染色：

使用JPT提供的SARS-CoV-2 S、HCoV-NL63 S，陽性對照（貨號PM-CEFX-3）或無肽刺激的CCPs和PCs的PBMCs進行體外培養。

培養后，通過細胞內細胞因子染色檢測IL-2和IFN-γ的產生。

5. 數據分析與統計：

使用嚴格的算法識別抗原特異性TCR克隆型。

通過比較SARS-CoV-2 S和CCC S肽刺激下的TCR擴展頻率，評估交叉反應性TCR的功能親和力。

實驗結果

1. 交叉反應性T細胞的存在：

在65%的CCPs和未暴露捐贈者中檢測到能夠交叉識別SARS-CoV-2和至少一種其他CCC S蛋白的記憶CD4+ T細胞克隆型。

多個捐贈者之間共享了這些TCRs，表明存在公共TCR克隆型。

2. 功能親和力分析：

交叉反應性T細胞在體外相對于單特異性CD4+ T細胞顯示出顯著受損的SARS-CoV-2特異性增殖能力，這與它們對SARS-CoV-2的較低功能親和力一致。

使用Jurkat報告細胞系確認了交叉反應性TCR對SARS-CoV-2和HCoV-NL63 S肽的功能親和力，發現SARS-CoV-2特異性TCR的功能親和力顯著低于HCoV-NL63特異性TCR。

3. 抗原表位鑒定：

通過肽滴定實驗鑒定了交叉反應性TCR識別的具體表位，發現這些表位位于SARS-CoV-2和HCoV-NL63 S蛋白的保守區域。

某些交叉反應性TCR識別相同的保守免疫優勢表位，表明這些表位可能是設計通用冠狀病毒疫苗的潛在靶點。

4. 未暴露捐贈者中的交叉反應性T細胞：

在未暴露于SARS-CoV-2的捐贈者中也檢測到了交叉反應性記憶CD4+ T細胞，表明這些克隆型在COVID-19大流行前已存在。

這些交叉反應性T細胞在體外抗原刺激下能夠功能擴展，表明它們具有抗原特異性擴展能力。

本研究首次在SARS-CoV-2背景下證實了真正的T細胞交叉反應性，即單個TCR克隆型能夠識別SARS-CoV-2和CCC S蛋白。交叉反應性T細胞在未暴露捐贈者和COVID-19康復患者中均存在，但它們對SARS-CoV-2的功能親和力較低，這可能是由于抗原印記現象導致的。這些發現不僅加深了我們對T細胞介導的SARS-CoV-2免疫反應的理解，還為未來冠狀病毒疫苗的設計提供了重要參考，提示通過針對保守表位的疫苗設計可能誘導更廣泛的交叉保護性免疫反應。本研究中JPT提供的覆蓋SARS-CoV-2 S蛋白和四種CCC S蛋白的重疊肽池，作為特異性抗原刺激CD4+ T細胞，使得研究人員能夠準確識別和擴增出針對這些病毒的特異性T細胞。

JPT作為多肽生產專家，可以提供各種不同形式的SARS-CoV-2肽池：