酶原因子IX是一種單鏈維生素k依賴性糖蛋白，在肝臟中合成。因子IX的結構域結構與其他依賴維生素K的凝血因子相似。nh2末端區域含有12個g-羧基谷氨酸(玻璃)殘基，促進因子IX鈣依賴性結合到帶負電荷的磷脂表面。兩個與表皮生長因子(EGF)同源的結構域橫跨nh2末端玻璃結構域和激活肽(Ala-146至Arg-180)之間的區域。因子IX可由因子XIa或因子VIIa/組織因子/磷脂復合物激活。在A位點裂解產生中間的IXa，隨后在b位點裂解轉化為完全活性形式的IXab。nh2末端輕鏈(GLA和EGF結構域)通過二硫鍵與cooh末端重鏈共價連接。絲氨酸蛋白酶催化三聯體(Ser-365, His 221, Asp-269)位于重鏈上。因子IXab是“內在因子Xase復合物”(因子VIIIa/IXa/Ca2+/磷脂)的催化成分，其蛋白水解激活因子X到因子Xa。人因子IX是通過結合常規程序(4)和免疫親和層析從新鮮冷凍血漿中制備的。牛因子IX是通過對Fujikawa等人描述的方法的改進從新鮮檸檬酸牛血漿中制備的。小鼠因子IX也從新鮮小鼠血漿中分離出來。純化后的蛋白質以50% (vol/vol)甘油/H2O的液體供應，并應儲存于-20℃。純度由SDS-PAGE分析確定，活性采用因子IX凝血試驗測定。
