在動物中,DNA甲基化主要發生在CG二核苷酸背景下,由從頭甲基化轉移酶(de novo methyltransferases)中的DNA 甲基化轉移酶3(Dnmt3)家族催化發生,由保持甲基化轉移酶Dnmt1催化保持。而在植物中,DNA甲基化可以發生在各種背景下的C堿基上,包括CG、CHG(H=A、T或C)以及CHH,以CG為主。CG甲基化主要發生在gene body區,而CHG和CHH甲基化主要發生在轉座子區域以及重復序列區,從頭甲基化均由Dnmt3的同源酶DRM2催化發生,但是保持卻因背景不同而各異。CG由Dnmt1的同源酶MET1催化保持,CHG由CMT3催化保持,而CHH依舊由從頭甲基化酶DRM2催化保持。