蛋白質胞內胞外分布預測

眾所周知，在細胞膜或者膜結構上有很多跨膜蛋白，它們有些片段在細胞外，有些片段在細胞內，分別發揮著不同的功能。對于研究比較程度的蛋白指標而言，小伙伴們都可以通過成熟的數據庫平臺進行查閱，比如：我們的老朋友平臺：Uniprot

下面均以EGFR（P00533）蛋白為例，展示如何查找或者預測蛋白質的胞內與胞外分布：

已知蛋白，UniProt：

1.查找蛋白指標：VEGF，找到對應的種屬蛋白：

2.點擊亞細胞定位（Subcellular location）

3.往下翻找到Topology（拓撲學），了解胞內，胞外分布：

未知蛋白（暫無數據庫提供胞內胞外分布），Topcons

1.打開Topocons網站：http://topcons.cbr.su.se/

2.如上圖，在文本框中導入相關序列的FASTA格式序列（必須含>sp...相關內容），建議提供您的郵箱（結果預測出來后，會給您發郵件，如下圖），然后點擊提交（Submit）即可。

3. 觀察結果：藍色表示胞外部分（26-644 aa）；紅色表示胞內部分（666-1210 aa）。

通過上述2種方法對比發現，其實Topcons預測結果，與實驗驗證的數據庫Uniprot結果非常接近，可信度非常棒！