蛋白質的序列分析流程

1 蛋白質序列的檢索

1.1 從 NCBI 檢索蛋白質序列

http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?db=Protein

1.2 利用 SRS 系統從 EMBL 檢索蛋白質序列

http://srs.ebi.ac.uk/

2 蛋白質序列的基本性質分析

2.1 蛋白質序列的信號肽分析

http://genome.cbs.dtu.dk/services/SignalP-2.0/

http://genome.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

2.2 蛋白質序列的跨膜區分析

http://genome.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-1.0/

http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html

2.3 蛋白質序列的亞細胞定位分析

http://predict.sanger.ac.uk/nnpsl/nnpsl_mult.cgi

3 蛋白質序列的同源性分析

3.1 基于 NCBI/Blast 軟件的蛋白質序列同源性分析

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast.cgi

3.2 基于 WU/Blast2 軟件的蛋白質序列同源性分析

http://dove.embl-heidelberg.de/Blast2/

3.3 基于 FASTA 軟件進行蛋白質序列同源性分析

http://www2.ebi.ac.uk/fasta3

3.4 兩條蛋白質序列之間的同源性分析

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/bl2.html

3.5 蛋白質序列的批量聯網同源性分析

4 蛋白質序列的結構功能域分析

4.1 蛋白序列的 motif 和 Prosite 分析

http://www.isrec.isb-sib.ch/software/PFSCAN_form.html

4.2 蛋白質的結構功能域分析

http://smart.embl-heidelberg.de/

http://www.ebi.ac.uk/interpro/interproscan/ipsearch.html

5 蛋白質家族分析及其進化樹的構建(方案)

WEB RESOURCES FOR PROTEIN SCIENTISTS

http://www.faseb.org/protein/docs/WWWResources.html

蛋白質數據庫(Protein databank, PD)由美國自然科學基金會、能源部和國立衛生研究院共同投資建立，主要由 X-射線晶體衍射和核磁共振(NMR)測得的生物大分子三維結構所組成，用戶可直接查詢、調用和觀察庫中所收錄的任何大分子三維結構。該數據庫同時提供蛋白質序列及其三維空間晶體學原子坐標．其中受體-配體、抗原-抗體、底物-酶復合物等相互作用分子的共結晶圖譜是基于同源比較的分子設計所需的最佳模型，因此 PDB 數據庫為初步的蛋白質合理設計提供了重要的知識來源。由于 PDB 主要由生物大分子三維結構所組成，它具有以下幾種功能：

(1)能夠查找目的蛋白質的結構；

(2)可進行一級或高級結構的簡單分析；

(3)與互聯網上的其它一些數據庫，如GDB、GenBank、SWISS-PROT、PIR 等鏈接，從而可查詢蛋白質的其它信息；

(4)可下載有關結構信息以供進一步使用.可通過關鍵詞,PDB 標識符等進行查詢.在序列分析中，PDB 主要可應用于蛋白質結構預測和結構同源性比較。其中NRL-3D 數據庫則是 PDB 數據庫中所有蛋白質序列的信息。該數據庫允許進行基于結構的序列比較，網址為：http://www.rcsb.org/pdb/。