飛行時間質譜(MALDI-TOF)法SNP分析(PCR)，就選TERMIPol DNA聚合酶

單核苷酸多態性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNP）主要指基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性，是人類可遺傳的變異中最常見的一種。SNP在人類基因組中廣泛存在，平均每500~1000個堿基對中就有1個，估計其總數可達300萬個甚至更多。SNP在CG序列上出現最為頻繁，而且多是C→T。

遺傳疾病診斷、致病候選基因研究、藥物篩選研究、分子標記輔助育種、群體遺傳研究等領域都會涉及到SNP分型分析。

SNP基因分型的常見方法有：

Taqman 探針法、SNaPshot法、飛行時間質譜（MALDI-TOF MS）分型、HRM（高分辨率熔解曲線）分型等技術平臺。其中，基于時間飛行質譜（MALDI-TOF）完成的SNP檢測準確率可達99.9%，除了準確性高、靈活性強、通量大、檢測周期短等優勢外，最有吸引力的應該還是它的性價比。飛行時間質譜平臺（MALDI-TOF）是國際通用的基因單核苷酸多態性（SNP）的研究平臺，該方法憑借其科學性和準確性已經成為該領域的新標準。

為此，我們推薦使用Biogradetech的TERMIPol  DNA聚合酶，適合用于MALDI-TOF質譜法和其他引物延伸平臺：

* 如上TERMIPol DNA聚合酶產品均已通過了Bruker與 Agena BioScience平臺的驗證     

 以Agena 平臺為例：《MassARRA系統》

原理：首先通過PCR擴增出含有SNP位點的一段DNA（SNP位點前后各50bp左右），然后用SAP酶去除掉PCR 體系中剩余的脫氧核糖核苷三磷酸（dNTP）和引物，然后加入一單堿基延伸引物，其3’末端堿基緊挨SNP位點，采用四種ddNTP替代dNTP。這樣，探針在SNP位點處僅延伸一個堿基，連接上的ddNTP與SNP位點的等位基因對應。用基質輔助激光解析電離飛行時間質譜(MALDI-TOF MS) 檢測延伸產物與未延伸引物間的分子量差異，確定該點處堿基。

實驗流程如下：

1、 PCR擴增含有目的SNP 的DNA序列，并通過純化去除未結合的dNTPs  

2、 iPLEX單堿基延伸：純化后的PCR產物，針對每個靶點SNP設計一條延伸引物，在以ddNTPs為底物的體系中進行單堿基延伸，每個SNP的等位基因延伸產物僅為末端一個堿基的差異。

3、 純化，并將產物轉移到SpectroCHIP芯片上，進行質譜檢測，同一個SNP的等位基因由于分子量不同，形成不同的檢測峰而被區分。     

已發表文章：     

【1】Bormann, Felix Georg et al. “Epigenetic regulation of Amphiregulin and Epiregulin in colorectal cancer.” International journal of cancer 144 3 (2019): 569-581 .  

【2】Wilcke, Arndt et al. “The role of gene DCDC2 in German dyslexics.” Annals of dyslexia59 1 (2009): 1-11 .  

【3】Ikryannikova, L N et al. “A MALDI TOF MS-based minisequencing method for rapid detection of TEM-type extended-spectrum beta-lactamases in clinical strains of Enterobacteriaceae.” Journal of microbiological methods 75 3 (2008): 385-91 .  

【4】Sauer, Sascha et al. “Single-nucleotide polymorphisms: analysis by mass spectrometry.” Nature Protocols 1 (2006): 1761-1771.  

Biogradetech成立于2015年，總部位于美國加利福尼亞州，早期以產品技術研發服務起家，逐步發展了廣泛的產品線，并將其商業化銷售，包括蛋白質、抗體、酶、培養基、試劑盒和儀器。適用于細胞生物學、蛋白質組學、分子生物學、免疫學、微生物學、診斷學、生物化學、神經科學、血液分析和高通量藥物篩選等領域。