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利用CUT和LUNCH RIP加速蛋白質/RNA相互作用研究
RNA免疫沉淀(RIP)被廣泛用于分析蛋白質和RNA之間的相互作用,但無法實現高分辨率,再現性差,過程漫長復雜。使用EpiNext?CUT&LUNCH RNA免疫沉淀(RIP)試劑盒,您可以比以往更快地對靶蛋白/RNA復合物進行高度特異性富集。
極速三步:
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CUT&LUNCH(目標下裂解和均勻釋放獨特核酸復合物)是EpigenTek最近開發的一項技術,旨在為研究體內DNA-蛋白質相互作用提供一種比ChIP和CUT&RUN更快速、更高效的替代方法。這一創新技術現已被整合到新的CUT&LUNCH RIP試劑盒(貨號:P-2037-24)中,用于超快速、高度特異地富集目標蛋白-RNA復合物。
CUT&LUNCH RIP整合了當前RIP檢測和CUT&RUN的所有優勢,是富集RNA結合蛋白特異性RNA復合物最快且最便捷的方法。
1、快速協議:在不到2小時內完成您的檢測。
2、低背景:選擇性消除非特異性蛋白-RNA復合物。
3、高特異性和分辨率:僅回收抗體結合的復合物。
4、性價比高:每反應的價格不到競爭對手RIP產品的一半。
不要因為漫長的協議而耽誤時間。用CUT&LUNCH RIP簡化您的研究,奪回您的時間——沒有減速,只有流程化的成功。
EpiNext CUT&LUNCH(目標下裂解和均勻釋放獨特核酸復合物)RNA免疫沉淀(RIP)試劑盒(貨號:P-2037-24)提供了一種快速高效的方法來研究體內蛋白質-RNA相互作用。它整合了目前使用的RIP和CUT&RUN的所有優勢,CUT&RUN是一種新的蛋白質-DNA相互作用分析方法。
CUT&LUNCH RIP試劑盒具有以下優勢和特點:
1、極快速的三步協議:直接從完整的細胞開始,無需裂解和交聯。整個檢測過程可以在1小時50分鐘內完成,最小化RNA損傷和解離的RNA結合組分的丟失,保持原生蛋白質-RNA結構。
2、提高特異性和最小化背景:獨特的核酸裂解酶通過在目標蛋白/RNA復合物兩端切割或移除RNA序列,確保低序列偏好,不影響目標蛋白占據的RNA。釋放的非特異性蛋白-RNA復合物被選擇性消除,只回收抗體結合的復合物。因此,可以通過高分辨率映射可靠地實現和識別目標蛋白富集區域。
3、低輸入材料:強大的未結合RNA裂解和免疫捕獲都在同一個管中處理。這種方法使用細胞和組織,并允許最大限度地保護目標蛋白,最小化樣本損失。結果,輸入的細胞數量可以少至20,000個細胞,不到傳統RIP所需最小量的5%。
4、廣泛的適用性:適用于各種物種的培養細胞以及新鮮和冷凍組織中的不同RNA結合蛋白,同時保持檢測的特異性和靈敏度。
5、高度便捷:試劑盒包含所有必需組分,使EpiNext CUT&LUNCH RNA免疫沉淀(RIP)試劑盒既方便又經濟。
背景信息
體內富集與蛋白質復合的RNA,然后進行qPCR和/或下一代測序,為研究表觀轉錄組范圍內的蛋白質-RNA相互作用提供了一個有利的工具。長期以來用于實現這一目標的主要方法是傳統的RIP(RNA免疫沉淀)后跟PCR(RIP-PCR)或測序(RIP-Seq)。這些方法已被廣泛使用,但無法實現高分辨率,需要交聯,并且存在重復性差和過程復雜的問題。特別是,這些方法耗時(從8小時到2天)且成本高昂。
原理與程序
該試劑盒提供了所有必要的試劑,以富集RNA結合蛋白特異性RNA復合物,通過qRT-PCR或NGS從各種細胞樣本中分析蛋白質-RNA相互作用。在這個檢測中,細胞被滲透處理,并用針對感興趣蛋白的RIP級抗體處理。然后,一種獨特的核酸裂解酶混合物選擇性地切割目標蛋白區域周圍的RNA序列,移除非特異性RNA-蛋白復合物。只有抗體結合的復合物被選擇性保留。捕獲的蛋白/RNA復合物中的RNA片段被純化,可以直接用于qRT-PCR或cDNA庫構建,以分析蛋白質和RNA之間的相互作用。
起始材料
起始材料可以包括各種哺乳動物細胞樣本,如培養瓶或培養板中的培養細胞、原代細胞、從血液、體液中分離的稀有細胞群體、新鮮/冷凍組織,以及從整個細胞群體中分選的特定細胞和胚胎細胞等。
| CUT&LUNCH RIP試劑盒 Epigen Tek | RIP試劑盒 供應商A | RIP試劑盒 供應商M | |
| 工作流程便利性 | 方便 總共只有20步 不需要交聯或超聲處理 | 不太方便 超過50步 需要固定和超聲處理(需要用戶自行優化) | 不太方便 總共40步。不需要交聯或超聲處理。 |
| 所需細胞數量 | 50,000-1,000,000 | 15,000,000 | 20,000,000 |
| 富集目標范圍 | 細胞質和核RNA-蛋白質復合物 | 核RNA-蛋白質復合物 | 細胞質和核 |
| 序列分辨率 | 高 獨特的切割酶混合物在兩端切割RNA,非常接近目標蛋白相互作用位點 | 較低 超聲波基礎的剪切產生不同長度的片段 | 低 RNA未被剪切 |
| 正/負對照比率 | >200 | >120 | >200 |
| 檢測時間長度 | 1小時50分鐘 | 1-2天 | 8小時-2天 |
| 富集RNA的下游應用 | qRT-PCR, RIP-chip, RIP-Seq | qRT-PCR | qRT-PCR, RIP-chip, RIP-Seq |
| 每次檢測反應的價格 | 低 | 高 | 非常高 |


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