Epigentek染色質可及性分析試劑盒，解碼基因組的創新工具

【前情回顧】Epigentek : 染色質研究

染色質可及性（chromatin accessibility）是指基因組中某些區域對調控因子（如轉錄因子）的開放程度。簡單來說，它反映了DNA在細胞核中是否容易被調控蛋白結合，從而影響基因的表達。染色質可及性越高，說明該區域的DNA更“開放”，轉錄因子更容易結合，基因表達的調控也更靈活。染色質對調控元件（如轉錄因子和其他DNA結合蛋白）的可及性對于多種細胞過程至關重要，包括復制、轉錄和DNA修復。染色質可及性的變化在決定哪些基因被積極轉錄或沉默方面發揮著關鍵作用，從而影響細胞的發育、分化、增殖以及對環境信號的響應。了解染色質可及性有助于研究人員更好地理解控制基因表達的分子機制，以及這些機制在不同細胞類型和不同條件下的調控方式。

染色質可及性檢測方法可以直接測量染色質結構的變化如何影響基因表達。這與染色質免疫沉淀測序等技術不同，后者是基于特定組蛋白翻譯后修飾的存在與否來推斷這些效應的。DNase-seq、FAIRE-seq 和 ATAC-seq 是常用于評估染色質可及性的方法，用于理解在不同生物學背景下調控基因表達的復雜機制。在染色質可及性評估方面，DNase I超敏感位點測序（DNase-seq）被認為是“黃金標準”。該技術利用內切酶優先切割開放的、核小體耗盡的染色質區域內的DNase I超敏感位點。這些區域更容易被DNase I降解，因此在構建的DNA文庫的測序分析中不太常被識別，從而可以推斷出來。或者，通過調整處理方式并限制DNase I消化，可以生成、選擇并直接測序對應于開放染色質結構區域的短DNA片段。切割偏好性和高輸入需求是DNase-seq的主要限制因素。甲醛輔助調控元件分離（FAIRE）與測序相結合，繼DNase-seq之后被引入。它基于甲醛在開放染色質和核小體之間的不同交聯特性。FAIRE利用酚-氯仿抽提法將被核小體結合的基因組區域與更易接近的剪切染色質區域分開。由于交聯保留了DNA與相關蛋白質之間的體內相互作用，與蛋白質相互作用較少的染色質可及性區域富集在水相中，從而可以被分離出來。盡管FAIRE解決了DNase I的序列特異性切割偏好性問題，但該方法受到固定效率不足和信噪比低的限制。轉座酶可及染色質測序（ATAC-seq）是全基因組染色質可及性評估的最新進展。利用超活性突變型Tn5轉座酶，從未經固定的細胞核中同時對可及染色質進行片段化，并用測序接頭進行標記，從而在樣本量較少的情況下提高了速度、特異性和靈敏度。然而，ATAC-seq由于轉座酶的序列特異性切割，表現出顯著的片段化和GC/AT含量偏差。此外，由于Tn5酶更有效地轉座線粒體DNA（mtDNA），因此該方法受到線粒體DNA片段過度代表的不利影響。

為了解決這些不足，EpigenTek開發了染色質可及性測序快速試劑盒。這一創新試劑盒為從細胞或組織中生成染色質可及性評估的DNA文庫提供了一種更經濟的替代方案，并且時間大幅縮短（不到2小時，而傳統ATAC-seq需要1-3天）。該試劑盒采用了一種獨特的核酸酶混合物，這種酶沒有序列特異性或片段化偏差。極其快速的協議時間最大限度地減少了核損傷，更好地保留了染色質結構，并消除了線粒體污染。

除了可提供染色質可及性測序快速試劑盒，Epigentek還可提供如如下染色質可及性分析試劑盒助力基因組解析：