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特色產品EpiNext CUT&LUNCH檢測試劑盒是一套完整的優化試劑,專為以下目的而設計:
1、快速富集蛋白質(組蛋白或強結合轉錄因子)特異性DNA復合物
2、通過qPCR或下一代直接從細胞中提取蛋白質和DNA之間的相互作用
3、使用Illumina平臺進行測序。
艾美捷EpiNext CUT&LUNCH檢測試劑盒(P-2035-24)使用前需知事項:
起始材料:起始材料可以包括各種哺乳動物細胞樣本,如培養瓶或培養板中的培養細胞、原代細胞、從血液、體液中分離出的稀有細胞群體、新鮮/冷凍組織以及從整個細胞群體和胚胎細胞中分選出來的特定細胞等。
細胞輸入量:每個反應的細胞量可以是2 x 10^3到5 x 10^5個細胞。為了最佳制備,細胞輸入量應該是2 x 10^5,盡管對于修飾組蛋白,即使只有500個細胞也可獲得結果。
抗體:抗體應為ChIP級別,以便識別與DNA或其他蛋白結合的蛋白。如果您使用的抗體尚未針對ChIP進行驗證,則應使用適當的對照抗體,如抗RNA聚合酶II、抗H3K4me3或抗H3K9me3,以證明這些抗體適用于ChIP。
內部對照:此試劑盒提供了CUT&LUNCH使用的陰性和陽性對照。
注意事項:為避免交叉污染,仔細地將樣品或溶液滴入管中或瓶中。使用防氣溶膠的移液管頭,并在液體轉移之間始終更換移液管頭。在整個操作過程中佩戴手套。如果手套與樣品接觸,立即更換手套。
運輸與儲存:
該試劑盒分兩部分運輸:第一部分在常溫下運輸,第二部分在4°C的冷凍冰袋中運輸。
收到后,請根據上表的溫度要求,在避光條件下儲存各組分。
注意:使用前請檢查洗滌緩沖液(WB)和滲透緩沖液(PB)是否含有鹽分沉淀。如果有,請在室溫或37°C下短暫加熱并搖動,直到鹽分重新溶解。
如果儲存得當,試劑盒的所有組分自發貨日期起穩定6個月。
CUT&LUNCH檢測具有以下優點和特點:
? 極快的3步協議:從完整的細胞開始,無需ConA固定。整個過程可以在1小時50分鐘內完成,最小化核損傷和染色質損失,同時保持天然染色質結構。
? 提高特異性和最小化背景:獨特的核酸切割酶通過選擇性地在目標蛋白/DNA復合物的兩端切割DNA,確保低序列偏差,不影響與蛋白結合的DNA。非特異性蛋白-DNA復合物被選擇性地消除,實現目標蛋白富集區域的高分辨率映射。
? 低輸入材料:在最短時間內完成強大的未結合DNA切割和免疫捕獲。這種方法使用細胞和組織,同時提供目標蛋白的最大降解保護和最小樣本損失。因此,輸入的細胞量可以少至500個細胞。
? 廣泛適用性:適用于各種物種的培養細胞以及新鮮或冷凍組織,與組蛋白和轉錄因子兼容,同時保持檢測的特異性和靈敏度。
? 高度便捷:試劑盒包括所有必要的組分,使EpiNext? CUT&LUNCH試劑盒既方便又經濟。
? 與現有流程無縫集成:富集的DNA用于NGS,可以使用現有的、經過時間考驗的ChIP-seq生物信息學軟件和工具進行分析。

圖:使用EpiNext 富集靶蛋白/DNACUT&LUNCH檢測試劑盒:捕獲組蛋白/DNA復合物通過陽性對照抗體(H3K4me3)從200000
MCF-7細胞。非免疫性IgG用作陰性控制。富集的DNA被純化并發出熒光通過Qubit定量或通過qPCR分析,靶向GAPDH啟動子用于富集倍數比較。
EpiNext CUT&LUNCH 檢測試劑盒pk傳統 CUT&RUN/芯片
CUT&LUNCH
工作流程方便程度:方便;總共只需 19 個步驟
所需細胞數量:2,000 - 500,000
分析目標范圍:適用于組蛋白、適用于TF蛋白
裂解和收集的 DNA 的特異性:穩定;不依賴于樣品中所含目標分子的數量;不受目標類型和數量的影響
序列分辨率:高
負/陽性對照率 (%):5%
檢測時間長度:1 小時 50 分鐘
每次檢測反應的價格:低
傳統 CUT&RUN
方便:不太方便>總共 50 步
所需細胞數量:5,000 - 500,000
分析目標范圍:適用于組蛋白、不適用于TF蛋白
裂解和收集的 DNA 的特異性:穩定;根據樣品中所含目標分子的數量而變化、受目標類型和數量影響
序列分辨率:高
負/陽性對照率 (%):30%
檢測時間長度:6 小時 - 2 天
每次檢測反應的價格:高
芯片
方便:因不同的 ChIP 檢測而異
所需細胞數量:100 - 10,000,000
分析目標范圍:適用于組蛋白、適用于TF蛋白
裂解和收集的 DNA 的特異性:不適用
序列分辨率:中等
負/陽性對照率 (%):20%
檢測時間長度:對于不同的 ChIP 檢測,從 4 小時 - 2 天不等
每次檢測反應的價格:不同

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