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在體內富集組蛋白或轉錄因子(TF)結合的DNA,隨后進行qPCR和/或下一代測序,為研究全基因組蛋白質-DNA相互作用提供了一個有利的工具。通常用于實現這一目標的主要方法是免疫沉淀后測序(ChIP-seq)。這種方法包括高度特異的ChIP-exo和ChIP-nexus。這兩種實驗提供高分辨率的映射。然而,這些實驗的主要局限性在于它們需要大量的輸入材料、細胞或組織,以產生足夠強的信號,超過背景噪音。CUT&RUN(靶向裂解和核酸酶釋放)是為了使用有限的生物材料對蛋白質-DNA相互作用進行映射而開發的,它需要更少的樣品量,同時顯著提高了映射分辨率。然而,這種實驗的一個相當大的缺點是抗體未耦合pAG-MNase的非特異性裂解,顯著限制了CUT&RUN在不同物種和細胞/組織類型中大多數轉錄因子的特異性使用。此外,原始CUT&RUN步驟繁瑣,需要優化實驗條件,仍然耗時。
整合ChIP和CUT&RUN的所有優勢,克服其缺點,EpiNext? CUT&LUNCH(靶向裂解并均勻解放獨特核酸復合物)檢測試劑盒可以在創紀錄的時間內實現對目標蛋白質/DNA復合物的高度特異富集。
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為什么要花費數天時間進行傳統的CUT&RUN或ChIP實驗,當你可以在不犧牲性能的情況下更快地實現蛋白質/DNA富集呢?使用EpigenTek的新CUT&LUNCH套件,你可以在僅一個早晨的實驗中迅速富集目標蛋白質/DNA復合物。
快速方案:在不到2小時內完成實驗。
低非特異性背景:僅有3-5%的非特異性DNA結合。
高特異性和分辨率:DNA在富集目標蛋白質區域的兩端被選擇性地切割。
具有成本效益:與傳統的CUT&RUN實驗相比,每次反應的價格幾乎是一半。
無需特殊軟件:使用現有經過時間考驗的ChIP-seq生物信息學流程來進行NGS數據分析。
不要讓冗長的實驗步驟耽誤你的一天。選擇CUT&LUNCH,獲得高效、高質量的結果,符合你的時間表和預算。富集你的蛋白質/DNA復合物,重新擁有你的午餐時間!
| 產品名稱 | 貨號 | 規格 |
EpiNext CUT&LUNCH 檢測試劑盒 EpiNext CUT&LUNCH Assay Kit | P-2035-24 | 24 Reactions |
EpiNext CUT&LUNCH 檢測試劑盒包含了富集特定蛋白質(組蛋白或強結合轉錄因子)特異性DNA復合物所需的所有必要試劑,以通過qPCR或NGS從各種細胞樣品中分析蛋白質和DNA之間的相互作用。在這個實驗中,細胞被滲透化并暴露在感興趣的ChIP級抗體中。通過使用獨特的核酸裂解酶混合物,靶向染色質區域兩端的DNA序列被切除。被釋放的非特異性蛋白質-DNA復合物被消除,只有結合抗體的復合物將被選擇性地回收。被捕獲的蛋白質/DNA復合物中的DNA片段被純化,并可以直接用于基因特異性qPCR或DNA文庫構建,以分析蛋白質和DNA之間的相互作用。
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| CUT&LUNCH | 傳統 CUT&RUN | ChIP | |
| 工作流程方便程度 | 方便 總共只需 19 個步驟 | 不太方便 >總共 50 步 | 因不同的 ChIP 檢測而異 |
| 所需細胞數量 | 2,000 - 500,000 | 5,000 - 500,000 | 100 - 10,000,000 |
| 分析目標范圍 | 適用于組蛋白 適用于TF蛋白 | 適用于組蛋白 不適用于TF蛋白 | 適用于組蛋白 適用于TF蛋白 |
| 裂解和收集的 DNA 的特異性 |
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| 不適用 |
| 序列分辨率 | 高 | 高 | 中等 |
| 陰/陽性對照率 (%) | 5% | 30% | 20% |
| 檢測時間長度 | 1 小時 50 分鐘 | 6 小時 - 2 天 | 對于不同的 ChIP 檢測,從 4 小時 - 2 天不等 |
| 每次檢測反應的價格 | 低 | 高 | 不同 |
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